Op 14 maart 1890 begon in Zwijndrecht de Doleantie. Op zondag 16 maart volgde de eerste "kerk"dienst in de schuur die toen stond achter De Vergulde Swaen. Voorganger was dominee A. Knoll, die een week eerder was afgezet in de Hervormde kerk. Hij had geweigerd een classisbeurt te vervullen in Rijsoord.

Er was in die jaren veel beroering binnen de Hervormde Kerk. In verschillende streken waren de kerkelijke besturen in handen van "vrijzinnigen". In het kerkverband waren toen rechtzinnige voorgangers verplicht "vrijzinnigen en modernen" toe te laten tot het Heilig Avondmaal en hun kinderen te dopen. Weigering werd "beloond" met schorsing en afzetting.

Met de weigering van dominee Knoll om in Rijsoord te preken sloop het conflict ook de kerk van Zwijndrecht binnen. Een deel van de kerkenraad steunde ds. Knoll, waarna de predikant werd afgezet en de ouderlingen geschorst. Op 14 maart 1890 werd de doleantie een feit. De Gereformeerde kerk van Zwijndrecht was daarmee "geboren".

Overigens kende ook de Gereformeerde Kerk van Zwijndrecht haar scheuring, nadat in 1944 al problemen waren ontstaan met prof. Dr. K. Schilder, hetgeen uiteindelijk leidde tot zijn afzetting (en de Gereformeerde Kerk Vrijgemaakt), kwamen begin 1945 in Zwijndrecht de eerste berichten naar buiten over een scheuring. Ds. Scheele, predikant van 16-7-1943 tot 22-3-1945, ageerde tegen de schorsing van zijn collega ds. Van der Schaft te Zwijndrecht-Groote Lindt. Begin april 1945 werd hij afgezet en met hem elf ambtsdragers. zo'n vierhonderd kerkleden volgden met hen.